宝马3系在4S店更换空调滤芯和空气滤芯的费用可能因地区和具体车型而有所不同。一般来说，宝马3系的空气滤芯价格在742元左右，而空调滤芯价格在677元左右，加上工时费，两项更换的总费用大约在1000元左右。

如果选择在其他维修店或自行购买滤芯进行更换，费用可能会有所降低，但需要注意选择正规的产品和可靠的安装服务。不同品牌和型号的滤芯价格也会有所差异，一些适配宝马3系的空气滤芯价格可能在几十元到上百元不等，而空调滤芯价格可能在一百多元到三百多元不等。